فعالیت رادیکال‌های آزاد در بدن منجر به تخریب سلول‌ها و تضعیف سیستم ایمنی بدن می‌شود. آسیب به سلول‌های بدن در طولانی مدت سبب بروز بیماری‌های جدی و سرطان می‌شود. وجود ویتامین‌های مختلف در این میوه خشک باعث تقویت خواص ضد سرطانی آن می‌شود.گوجه خشک از بروز سرطان پروستات جلوگیری کرده و در دفع سلول‌های سرطانی در ریه و معده موثر است.
آنتی‌اکسیدان‌ها از فعالیت رادیکال‌های آزاد جلوگیری می‌کنند. ویتامین‌های A و C از بهترین آنتی‌اکسیدان‌های مورد نیاز بدن هستند. ویتامین A شامل لیکوپن می‌شود؛ این ماده نیز یک آنتی‌اکسیدان قوی است. آنتی‌اکسیدان‌ها باعث تقویت سیستم ایمنی بدن می‌شوند و از آن در برابر ابتلا به سرطان محافظت می‌کنند. ویتامین C فعالیت رادیکال‌های آزاد را مختل می‌کند.
گوجه خشک شده سرشار از آنتی‌اکسیدان لیکوپن است. لیکوپن ترکیبی است که سبب رنگ قرمز گوجه می‌شود. این آنتی‌اکسیدان به فراوانی در گوجه و جود دارد و هرچه رنگ آن قرمزتر باشد، میزان بیشتری لیکوپن در گوجه وجود دارد. لیکوپن یکی از مهمترین کاروتنوئیدهایی است که در گوجه خشک وجود دارد. مصرف گوجه خشک همراه با چربی سبب افزایش جذب این آنتی‌اکسیدان به بدن می‌شود. میزان لیکوپن در فراورده‌های گوجه، مثل گوجه خشک، از گوجه تازه بیشتر است.
کمبود این ماده در بدن، احتمال بروز حمله قلبی و سکته را در مردانی که میان‌سالی را تجربه می‌کنند، افزایش می‌دهد.