مهمترین تفاوت کراتین و پروتئین تراپی این است که در روش کراتینه کردن مو، باید از کراتین مصنوعی استفاده شود ولی در پروتئین تراپی مخلوطی از چند پروتئین برای تقویت و لطافت موها استفاده خواهد شد که عمدتاً فرد اپراتور به سراغ پروتئین‌های گیاهی و حیوانی می‌رود تا از این طریق بتواند نیاز غذایی مو را تأمین کند. در واقع همان گونه که متوجه شدید پروتئین تراپی نقش تقویت کنندگی نیز دارد.
البته در انتخاب روش کراتینه مو و پروتئین تراپی باید مدت زمان ماندگاری را نیز در نظر گرفت. پروتئین تراپی بین ۴ تا ۶ هفته دوام دارد در حالی که اثر کراتین مو بین ۴ تا ۶ ماه باقی می‌ماند.هدف از کراتینه مو، صاف کردن موها است به گونه‌ای که زبری مو به طور کامل برطرف شده و موهای شما از حالت وز و شکننده خارج شود. اما هدف از پروتئین تراپی، تقویت ساختار مو، کمک به بازسازی تار‌ها و ریشه‌های مو و در نتیجه افزایش استحکام مو است. بنابراین پروتئین تراپی اثر ریشه‌ای دارد و باعث تقویت بنیه ریشه مو و همچنین ساختار ساقه مو خواهد شد.
سؤالی که اغلب افراد در زمان اجرای کراتین و پروتئین تراپی مطرح می‌کنند این است که آیا این دو روش خطراتی را به همراه دارند یا نه. مهمترین تفاوت کراتین و پروتئین تراپی مو، میزان استفاده از فرمالدئید است. در کراتین حتماً باید فرمالین زیادی مصرف شود ولی در پروتئین تراپی میزان مصرف فرمالین بسیار کمتر است. بنابراین کراتین خطر بیشتری دارد.کاربرد هر یک از این دو روش براساس شرایط موی افراد نیز متفاوت است. اگر فردی موهای بسیار مجعد و موج‌دار داشته باشد پروتئین تراپی اثربخشی بهتری خواهد داشت.
اصلی ترین تفاوت های موجود در میان این دو روش
مواد به کار رفته برای کراتین و پروتئین تراپی
موادی که برای پروتئین تراپی و کراتین مورد استفاده قرار می گیرند با هم تفاوت دارند که در روش کراتین از پروتئین بتا استفاده می شود در حالی که در پروتئین تراپی از محصولاتی حاوی پروتئین استفاده می شود.
میزان ماندگاری و دوام
کراتین مو به صورت کلی دارای ماندگاری و دوامی در حدود 6 ماه است و یک روش نیمه دائمی به حساب می آید اما ماندگاری پروتئین تراپی در مقایسه با کراتین، کمتر است و میزان دوام و ماندگاری آن در حدود 4 ماه است. در صورتی که مراقبت های لازم برای موها را بعد از پروتئین تراپی و کراتین مو به خوبی انجام داد می توان ماندگاری انها را بیشتر کرد.
میزان احیای مو
میزان احیای مو نیز از دیگر تفاوت کراتین و پروتئین تراپی است که در کراتین مو میزان احیای مو کمتر از پروتئین تراپی است و به همین دلیل اشخاصی که مشکلات موجود در موهای آنها زیاد است بهتر از پروتئین تراپی استفاده کنند. هزینه کراتین و پروتئین تراپی
کراتین مو در مقایسه با پروتئین تراپی دارای هزینه بیشتری است و به همین دلیل می توان گفت که پروتئین تراپی در مقایسه با کراتین مقرون به صرفه تر است و احیای بیشتری را نیز برای موها رقم می زند.
میزان صافی مو و زیبا شدن مو
صافی مو و درخشندگی مو در روش کراتین مو بیشتر از پروتئین تراپی است و به همین دلیل کراتین مو برای اشخاصی که بیشتر می خواهند موهای صافی داشته باشند، مناسب تر است اما افرادی که می خواهند احیای موهای آنها بیشتر باشد، بهتر است که از پروتئین تراپی استفاده کنند.