در این دوربین از یک سنسور 20 مگاپیکسلی استفاده شده است که برای اولین بار در EOS-1D X III دیده شده است. کانن اشاره‌ای به تفاوت‌ سنسورهای این دوربین نکرده است اما هیچ اسمی از فیلتر 16 نقطه‌ای anti-aliasing موجود در 1D X III هم برده نشده است. به همین خاطر انتظار می‌رود فیلتر مورد استفاده در R6 یک مدل متداول‌تر باشد. این سنسور از قبل عملکرد قوی خودش را ثابت کرده است که محدوده داینامیک نسبتا خوب و سرعت بازخوانی خیلی خوبی برای عکاسی و فیلمبرداری دارد. در کنار این سنسور یک پردازنده تصویر Digic X قرار گرفته است که توانایی خیلی خوبی در زمینه ردیابی اتوفوکوس دارد؛ چیزی که 1D X III (در حالت‌های Live View) نیز عملکرد خیلی خوبی داشت. ترکیب سرعت بازخوانی و قدرت پردازشی بالا باعث شده است که این دوربین هم در زمینه‌ی اتوفوکوس و هم در زمینه عکاسی پیاپی عملکرد بی‌نظیری داشته باشد. این دوربین با استفاده از شاتر مکانیکی می‌تواند با سرعت 12 فریم در ثانیه و با اتوفوکوس کامل عکاسی کند. در زمان استفاده از شاتر الکترونیکی نیز سرعت آن با سرعت 20 فریم بر ثانیه‌ی 1D X III مطابقت دارد.دوربین بدون آینه کانن Canon EOS R6 برای فوکوس خودکار از چیزی که کانن آن را اتوفوکوس Dual Pixel II نامیده است استفاده می‌کند که در آن هر پیکسل به دو قسمت چپ و راست تبدیل می‌شود. تفاوت بین چیزی که پیکسل سمت چپ و راست وجود دارد، باعث خواهد شد که دوربین بتواند اتوفوکوس تشخیص فاز را اجرا کند. نکته‌ی مثبت این روش این است که سنسور می‌تواند به عنوان یک سنسور فوکوس آگاه از عمق عمل کند و بتواند پوشش 100 درصدی سنسور و امکان استفاده از اتوفوکوس در فیلمبرداری و عکاسی را به کاربر ارائه کرد. در این دوربین از یکی از پیشرفته‌ترین سیستم‌های اتوفوکوس کانن استفاده شده است که شامل یک سیستم تشخیص سوژه آموزش یافته توسط یادگیری ماشین است. این سیستم توانایی تشخیص چشم، چهره و سر را دارد و به همین خاطر حتی در صورتی که سوژه به صورت موقت جایی دیگر را نگاه کند هم فوکوس روی آن حفظ خواهد