خاستگاه اصلی کلمه بونسای کشور ژاپن است اما در واقع مفهوم کلی آن از هنر چینی ” penzai ” یا پنجینگ گرفته شده است. این هنر زیبا اولین بار در قرن ششم توسط بازدید دیپلمات های ژاپنی و دانشجویان بودایی از چین، به ژاپن برده شد. کلمه “penzai” در ژاپن ” Bonsai ” تلفظ می‌شود و به همین دلیل کلمه بونسای امروزه شناخته شده تر است.