تفاوت در مواد اولیه
مواد اولیه در مافین و کاپ کیک متفاوت است. مافین از آرد، شیر و تخم مرغ درست می‌شود. در حالی که مواد اولیه کاپ کیک شامل کره و مواد اولیه کیک بوده و میزان شکر بالایی دارد. در واقع در این بخش، شکر و کره مورد استفاده در تهیه این دو خوراکی، عامل اصلی تفاوت است. چراکه مافین نسبت به کاپ کیک قند کمتری داشته و در درست‌کردن آن‌ها از روغن‌های گیاهی استفاده می‌شود.
تفاوت در خمیر
کاپ کیک و مافین از نظر خمیر نیز با یکدیگر متفاوت هستند. خمیر کاپ کیک بسیار روان‌تر و نرم‌تر از مافین است. در واقع برای تولید کاپ کیک، کره و شکر را هم می‌زنند تا خمیری نرم و پف‌دار به دست بیاید. اما خمیر مافین بسیار غلیظ‌تر است. غلیظ‌تر بودن خمیر در مافین باعث می‌شود تا این محصول از نظر میزان تراکم نسبت به کاپ کیک متفاوت باشد. در واقع مافین نسبت به کاپ کیک از تراکم بالاتری برخوردار است.
تفاوت در بافت
این دو خوراکی در بافت نیز با یکدیگر تفاوت دارند. بافت کاپ کیک بسیار نرم است و این خوراکی هیچ‌وقت ترد و متراکم نمی‌شود. رد مقابل، مافین از این نظر با کاپ کیک متفاوت است. در واقع مافین بافتی متراکم و سفت دارد.
تفاوت در نگهداری و سرو
مافین‌ها قابلیت نگهداری و سرو به صورت گرم و سرد را دارا هستند. اما از طرف دیگر این‌گونه نیست و کاپ کیک‌ها را تنها می‌توان در یخچال نگهداری کرد و آن‌ها را به صورت سرد سرو نمود.
تفاوت در اندازه و شکل
به طور معمول، مافین‌ها ابعاد بزرگ‌تری نسبت به کاپ کیک‌ها دارند و پس از پخت، به میزان اندکی از قالب بیرون آمده و حالت قارچی پیدا می‌کنند. در صورتی که کاپ کیک‌ها معمولاً از لبه قالب یا کاغذ بالاتر نمی‌آیند.