مغز سی ان سی روتاری چوب، سیستم کنترلر و سیستم کامپیوتری می‌باشد که تمامی برنامه کنترلی و طراحی در این بخش صورت می‌گیرد. سیستم کنترلر و کامپیوتری عملکرد ماشین و موتورهای را در اختیار اپراتور قرار می‌دهد، به نوعی با اپراتور تقسیم وظایف می‌کند. اکثر طرح‌هایی که قرار است به دستگاه داده شود در یک فرمت دیجیتالی مانند طراحی DXF آماده می‌شود و در حافظه دستگاه ذخیره می‌شود. در این قسمت اپراتور با استفاده از نرم افزار CAM تصاویر طراحی شده را به یک تصویر دیجیتال دو بعدی یا سه بعدی با فرمت G-code تبدیل می کند. تمامی این فرایند‌ها در سیستم کنترلر و سیستم کاپیوتری سی ان سی روتاری چوب به یک دستور دیجیتالی تبدیل شده است که توسط ابزارهای مکانیکی اجرا می‌شود.

اسپیندل در دستگاه روتاری چوب مانند روتر دستی عمل می‌کند. وظیفه اسپیندل چرخاندن ابزار برشی مانند دریل و مته می‌باشد که بر اساس قدرت بر واحد اسب بخار یا وات در بازار عرضه می‌شود. اسپیندل در سی ان سی روتاری چوب سرعت‌های مختلفی را در انجام دستورات سیستم کنترلر تامین می‌کند. اسپیندل در سی ان سی روتاری چوب برای برش انواع پلاستیک، چوب و مواد نرم سرعت را از 8000 تا 30000 دور در دقیقه تنظیم کند اما برای برش فلزات سرعت 2000 تا 10000 را فراهم خواهد کرد. نکته‌ای که باید بدانید ان است که روترهای موجود در سی ان سی روتاری چوب می‌توانند انواع فلزات را نیز برش دهند اما با این حال استفاده از آن‌ها محدود به فلزاتی مانند آلومینیوم است. اسپیندل توسط سیستم کنترلر سی ان سی روتاری چوب کنترل شده و سرعت آن‌ها به بر اساس جنس مواد و میزان تغذیه جریان ورودی به دستگاه تنظیم می شود. همچنین امروزه در نمونه‌های جدید سی ان سی منبت سعی شده تا از سنسورهای حرکتی و لمسی برای بالا بردن امنیت کار استفاده شود.

میز برش یکی از قسمت‌های اصلی دستگاه سی ان سی روتاری چوب می‌باشد که وظیفه نگهداری قطعه کار در هنگام انجام عملیات برش را دارد. میز برش در انواع مختلف طراحی و تولید می‌شوند که رایج‌ترین میز برش سی ان سی روتاری چوب، میزهای تخت یا همان T-slot هستند که دارای یک شیار T مانند است که امنیت کار را بالا برده و باعث قرار گیری قطعه کار بر روی میز می‌شود.در برخی از دستگاه‌های سی ان سی روتاری چوب میز برش ثابت و در برخی دیگر متحرک می‌باشد.

سیستم محور خطی یک قسمت دیگر از سی ان سی روتاری چوب می‌باشد که به صورت افقی بر روی میز نصب می‌شود و وظیفه نگه داشتن و حرکت دادن اسپیندل را بر عهده دارد. در دستگاه روتاری چوب دستی اسپیندل توسط ابزارهایی به سیستم محور خطی وصل می‌شود و زمینه حرکت اسپیندل در دو جهت X و Y را فراهم می‌کند که حرکت میز دستگاه سی ان سی روتاری چوب باعث برش‌های عمودی خواهد شد. اما در مدل‌های پیشرفته دستگاه سی ان سی روتری چوب،سیستم محور خطی می‌تواند کلیه حرکت‌های افقی و عمودی را انجام دهد. در حالت پیشرفته در cnc روتاری چوب از سیستم‌های 4، 6، 8، 10، 12،16 و 16کله استفاده می‌شود که می تواند به صورت همزمان برش های مختلف به صورت عمودی و افقی انجام دهند.