بنا به نوشتهٔ سیریل الگود (اگر چه وی مأخذ خود را ذکر نکرده‌است) «اولین بار ابوالفتح گیلانی (متوفی ۱۵۸۸) پزشک ایرانیِ دربار اکبر اول، سلطان مغول هند بود که دود تنباکو را از یک ظرف آب عبور داد تا آن را خالص‌تر و سرد نماید و از این طریق قلیان که در شبه قاره به حقّه معروف است را ابداع نمود.» اما از سوی دیگر، یک رباعی از اهلی شیرازی (درگذشته در ۱۵۳۵) به استفاده از قلیان اشاره می‌نماید و از این رو پیشینه استفاده از قلیان را می‌توان به حداقل به دوران شاه طهماسب یکم صفوی بازگرداند و روایت ابوالفتح گیلانی را می‌توان شاهدی بر معرفی قلیان، که در ایران مورد استفاده بوده‌است، در شبه قاره هند دانست.

بنا بر دانشنامه ایرانیکا، تاریخ دقیق اولین استفاده از قلیان مشخص نیست. اولین تصویری که از قلیان به وسیله هنرمندان ایرانی کشیده شده، احتمالاً تصویر نشمی کماندار کار رضا عباسی، نقاش مشهور دربار شاه عباس بزرگ است، که تا اواخر نیمه اول قرن یازدهم هجری زنده بوده‌است.
سیاحان اروپایی که به ایران سفر کرده‌اند از جمله تاورنیه که در دوران صفویه به ایران آمد به قلیان و کشیدن تنباکو در ایران اشاره کرده‌اند. از جمله وی نوشته‌است که «ایرانیان تنباکو را با دستگاهی کاملاً اختصاصی می‌کشند. در کوزه گلی دهان گشادی به قطر سه انگشت، تنه قلیانی از چوب یا نقره که سوراخی در وسط دارد قرار می‌دهند، و بر سر آن مقدار تنباکوی نم‌دار با کمی آتش می‌گذارند، و در زیر قلیان سوراخ ممتدی است که، در حالی که نفس را بالا می‌کشند، دود تنباکو با شدت از امتداد سوراخ پایین آمده و داخل آب که به رنگهای مختلف می آمی‌زد داخل می‌شود. این کوزه مرتباً تا نصفه آب دارد. دود که در آب است به سطح می‌آید و هنگامیکه نفس را بالا می‌کشند، از نی قلیان دود به دهان وارد می‌شود. به واسطه آبی که به قلیان می‌ریزند دود تنباکو تصفیه می‌شود و کمتر ضرر می‌رساند. والا با این همه قلیان که می‌کشند، مقاومت برای آنها غیرممکن است. ایرانیان زن و مرد، به طوری از جوانی عادت به کشیدن تنباکو کرده‌اند، که کاسبی که باید روزی پنج شاهی خرج کند، سه شاهی آن را به مصرف تنباکو می‌رسانند. می‌گویند اگر تنباکو نمی‌داشتیم چطور ممکن بود کیف و دماغ داشته باشیم.»
اولئاریوس نیز که در سال ۱۰۴۶ در ایران بوده می‌نویسد که «چندین گونه ظرف قلیان در ایران ساخته می‌شد. شیشه‌ای، کوزه‌ای، از جوز هندی (نارگیله)، کدوئی که تا نیمه آب می‌شد و گاهی در آن عطر می‌ریختند».
شاردن، دیگر سیاح دوران صفوی، در سفرنامه خود می‌نویسد که، شاه عباس بسیار کوشید تا از استعمال قلیان در بین مردم جلوگیری کند. برای این کار، روزی در مجلسی رسمی دستور داد که به جای تنباکو قلیان مهمانان را با پهن چاق کنند، و سپس در حالیکه آنان مشغول کشیدن قلیان خود بودند گفت که، این تنباکو را که وزیر همدان برای من فرستاده‌است و ادعا می‌کند که بهترین تنباکوی دنیاست، چگونه است؟ آنان همگی از این تنباکو تعریف کردند. آنگاه شاه خطاب به آنان گفت «مرده شوی چیزی را ببرد که نمی‌توان آن را از پهن تشخیص داد». سرانجام کار مخالفت شاه عباس بزرگ با تنباکو به تحریم آن کشید، و هنگامیکه در گرجستان متوجه شد، سربازان او پول خود را صرف کشیدن تنباکو و توتون می‌کنند آن را ممنوع ساخت، و تجاری را که توتون و تنباکو به اردوی او آورده بودند با تنباکوی خود یک جا سوختند، و سربازانی که مرتکب کشیدن توتون و تنباکو می‌شدند بینی و لبانشان را می‌بریدند.
قلیان در دوران قاجار بخشی از ضرورتهای زندگی بود. اشراف و بزرگان در خانه‌های خود انواع قلیان نگهداری می‌کردند که بعضی از آنها جواهرکاری شده بودند. واقعه قیام تنباکو در دوران قاجار و در نتیجه فتوایی توسط میرزا حسن شیرازی مبنی بر تحریم مصرف و فروش تنباکو رخ داد.

در ایران انواع تنباکو مانند تنباکوی بنیاد، برازجان، کاشان، بوشهر و غیره وجود دارد که بیشتر آنها به نام شهرهایی است که تنباکو در آنجا کشت می‌شود. همچنین در دهه‌های اخیر تنباکو با طعم‌های میوه‌ای نیز به بازار عرضه می‌شود که به صورت صنعتی تولید می‌شوند. طبق بررسی‌های به عمل آمده قلیان اگر با تنباکوهای میوه‌ای (توتون‌هایی که به روش شیمیایی به عمل آمده و دود آن بوی میوه می‌دهد) به عمل آمده باشد خطرناک و ضرر آن از ضرر سیگار بیشتر است.چون دودی که وارد ریه می‌شود دودی است که محصول مواد شیمیایی می‌باشد.

تنباکوی میوه‌ای هم چند سالی است که به دست اعراب تولید شده و با انواع اسانس و طعم‌های گونا گون در دسترس همگان است حتی در کشورهای دیگر. البته به گفته پزشکان این نوع تنباکو از بدترین نوع برگ توتون تهیه شده که در کارخانه‌ها معمولاً دور ریز تولیدات آنها است ولی به واسطه مواد شیمیایی معطر و بسته بندی‌های پر زرق و برق آنها را با نام تنباکوی میوه‌ای در ایران و نام عربی معسل در کشورهای عربی بفروش می‌رسانند. استعمال قلیان میوه‌ای در برخی شهرها و کشورهای اروپا هم شیوع پیدا کرده و خیلی از جوانان هم در اروپا قلیان میوه‌ای را به عنوان تفریح انتخاب کرده و ساعتی را در کافی شاپ برای سرو قلیان اختصاص می‌دهند.